Ca. 125 år efter reformationen var det så slemt, at flere af støttepillerne var rådnede og forvitrede og murværket flere steder faldet ud. Det blev da besluttet at tage kirkens spir ned og dels sælge noget af blyet, dels omstøbe det. At det virkelig har været et meget højt og gedigent spir ses af oplysningen om, at to mænd var seks dage om at tage spiret ned formedelst et beløb på hver 3 daler. Herefter blev den søndre og nordre tårngavl brudt ned, og i stedet for det høje spir fik tårnet et såkaldt sadeltag som flertallet af de danske landsbykirker. Taget blev "tækket" med brædder for at spare, selv om man vidste, at træet uvægerligt med tiden ville blive utæt på grund af vind og vejr. Men salget af bly kunne give en højst tiltrængt indtægt, og derfor tog man også blyet ned på både kor og skib og omstøbte det, og selv spirets vindfløj blev solgt og gav et mindre beløb på 1 daler. En opgørelse i 1670 over salget af bly viste, at der var solgt i alt 3 tons og 104 kg. Det indbragte i alt 388 dalere.

Efter "renoveringen" var der ikke længere nogen stige i kirketårnet. I stedet var der et langt klokkereb, og når det gik i stykker, måtte en modig mand fra sognet klatre op i tårnet for at fæstne

rebet. Det fik han 12 skilling for, og i 1699 var han nødt til at fæstne klokkerebet hele 8 gange, bl.a. så der kunne blive ringet med klokken, da kong Christian den Femte var død.

Den 22. februar 1714 drog et forfærdeligt uvejr med lyn, torden og storm hærgende hen over Alheden. Lynet slog ned i kirketårnet, der i forvejen var skrøbeligt pga. adskillige års manglende vedligeholdelse, og det blev meget hårdt medtaget af lynnedslaget. Også murene på selve kirken tog skade. Især vestmuren, hvori der var et gabende hul. Om nogle af de få og fattige huse i Karup også

blev ramt af lynet eller styrtede sammen i stormen, vides ikke. Kun en indberetning om det ødelagte tårn nåede efter et stykke tid frem til bispen i Aarhus Stift, som kirken dengang hørte under i kirkelig henseende, og nyheden blev bekendtgjort i flyvebladet "Nye Tidender" for Martii Maaned.

Kun de færreste var dengang i stand til at læse, men de, der havde lært kunsten, kunne her i flyvebladet læse om katastrofen, der havde ramt Karup i et forfærdeligt "Guds vejrligt". Nu lå den engang så prægtige kirke hen som en ruin, og 20 år efter blev det nødvendigt at nedbryde 13 alen (godt 8 m.) af resterne af tårnet for at undgå, at det væltede ned over kirken. Vinden peb ind igennem det ødelagte tårn, regn og sne piskede gennem hullerne i muren, og efterhånden mindede kun kirkens anselige størrelse om fordums storhed, da den lå i al sin pragt på kirkebakken ved åen.

I synsprotokollen fra et kirkesyn i 1742 kan man læse en meget trist beskrivelse af kirkens tilstand. Blandt andet var muren flere steder formuldet, og tårnet havde ikke været under tag siden 1714. Det ville være meget bekosteligt at reparere kirken, og det havde det lille og fattige sogn slet ikke råd til. Derfor blev resultatet af synsforretningen sendt til biskoppen i Aarhus med håb om hjælp, og han skrev sammen med amtmanden et brev til kong Christian den Sjette. Han bestemte, at kirken skulle sælges, og efter flere forgæves forsøg på at få den afsat, lykkedes det i december 1743 at sælge den gamle kirke på en auktion til herremanden Steen Jørgensen til Aunsbjerg. Han nedbrød resterne af tårnet, de to korsarme og apsissen, hvorefter kirken i det store og hele så ud som i dag, bortset fra, at våbenhuset lå mod vest, hvor tårnet tidligere havde ligget.